Farklı Salmonella Typhimurium kökenlerinin taşıdıkları patojenite adası ve direnç genlerinin in silico analizi

Authors : Özge ÜNLÜ, Mehmet DEMİRCİ, Akin YIĞIN, Seda EKİCİ

Pages : 151-156

Doi:10.35864/evmd.960813

View : 22 | Download : 13

Publication Date : 2021-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Salmonella Typhimurium, dünyada en sık izole edilen Salmonella serotiplerinden birisidir. Tüm genom analizi gibi yeni moleküler yöntemlerin gelişmesi ile, antibiyotik direnci ve farklı genlerin karşılaştırmalı analizleri daha kolay yapılabilmektedir. Çalışmamızda farklı S. Typhimurium kökenlerine ait genomik verilerin, taşıdıkları patojenite adaları, MLST, seqserotipleri ve direnç genleri açısından karşılaştırmalı in silico analizini gerçekleştirmeyi amaçladık. Çalışmamıza genomik verileri NCBI’da yer alan 15 farklı S. Typhimurium kökenini dahil edildi. Kökenlerin birbirleri ile evrimsel olarak yakınlıkları CSI filogeni ile antimikrobiyal direnç belirteçlerinin varlığı ise ResFinder yazılımı ile gerçekleştirildi. Salmonella kökenlerine ait patojenite adaları, MLST ve serotip tespiti için sırasıyla SPIFinder, MLST ve SeqSero yazılımları kullanıldı. Çalışmamıza dahil edilen 15 S. Typhimurium kökeninin birbirlerine %97 ve üstünde genomik benzerlik gösterdikleri tespit edildi. MLST analizlerine göre 9 köken (%60) ST19 olarak bulundu. Tüm kökenlerin SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-12, SPI-13, SPI-14 patojenite adalarını taşıdıkları gözlenirken, SGI1 patojenite adası sadece 3 kökende tespit edildi. Aminoglikozid direnci ile ilişkili aac(6')-Iaa geni tüm kökenlerde saptandı. Yeni nesil dizileme tekniklerinin gelişimi, S. Typhimurium gibi önemli enfeksiyon etkenlerine ait yeni moleküler epidemiyolojik veriler elde edilmesini sağlamaktadır. Bu verilerin karşılaştırmalı in silico analizleri ile enfeksiyonlarda kullandıkları virülans genlerinin analizleri ve moleküler patogenez mekanizmalarının aydınlatılması sağlanabilecektir.
Keywords : direnç genleri, in silico analiz, salmonella patojenite adası, Salmonella Typhimurium