A bioinformatics approach for exploring and identification of potential target genes of miR-130a-3p in doxorubicin-associated cardiotoxicity

Authors : Hamid CEYLAN

Pages : 964-974

Doi:10.17714/gumusfenbil.842966

View : 15 | Download : 11

Publication Date : 2021-07-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Doksorubisin (DOX), en etkili kemoterapi ilaçlarından biri olarak kabul edilmekte ve birçok kanser türünü tedavi etmek için kullanılmaktadır. Öte yandan, bu ilacın etkinliği, kardiyotoksisite gibi olumsuz yan etkileri nedeniyle sınırlıdır. Bununla birlikte, DOX kaynaklı kardiyotoksisitenin kesin mekanizması tam olarak anlaşılmamıştır. Bu çalışmada, İlaca bağlı kardiyotoksisitenin moleküler mekanizmasını daha iyi anlamak için kalbe özgü bir miRNA'yı ve kalpteki hedef genlerini belirlemeye odaklanmıştır. Herkese açık veriler, Gene Expression Omnibus (GEO) veri tabanından indirildi ve farklı şekilde ifade edilen genler (DEG'ler), çevrimiçi biyoinformatik aracı iPathwayGuide kullanılarak belirlendi. Sekiz farklı tahmin aracı kullanılarak miR-130a-3p'nin hedef genleri belirlendi. miR-130a-3p hedefleriyle kesişen DEG'ler için gen ontolojisi (GO) ve Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) yolu zenginleştirme analizi yapıldı. Kalp yetmezliği (HF) olan ve HF olmayan gruplar arasında, aynı zamanda miR-130a-3p'nin de hedefi olan toplam 29 DEG tespit edildi. Kesişen genler arasında yer alan SLC8A1'in bozulmuş miyokardiyal fonksiyon ve kardiyotoksisitede şekillenen çok önemli bir gen olabileceğini bulundu. Çalışmanın bulguları, DOX kaynaklı kardiyotoksisitenin teşhisi, tedavisi ve / veya azaltılması için potansiyel hedeflere yeni bilgiler sağlamaktadır.
Keywords : Biyoinformatik analiz, Kardiyotoksisite, Farklı şekilde ifade edilen genler, Doksorubisin, mikroRNA