Computational analysis of VDR gene and its product using Bioinformatics tools

Authors : Lokman VARISLI, Abdullah OZGONUL, Osman CEN

Pages : 84-90

View : 23 | Download : 6

Publication Date : 2007-12-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışma, insan VDR molekülüne homolog protein dizileri, promotor dizileri üzerinde genel transkripsiyon faktör bağlanma yerleri, korunan bölgelerin filogenetik ilişkileri ve araştırılan ESTdb’lerin varlığında EST verilerine bağlı ekspresyon profilleri gibi genin ve onun ürünlerinin özelliklerini araştırmak amacı ile planlandı. Gereç-Yöntem: Biz, farklı anlı türlerinde biyoinformatik araçları kullanarak ESTdb’den EST verilerine dayanarak VDR genin homolojisini, korunan bölgelerini, promotor ve ekspresyon profillerini inceledik. Sonuçlar: Bu çalışmanın sonuçları, VDR molekülünün çalışılan tüm organizmalar arasında, örneğin Macaca mulatta 98% , Saguinus oedipus 98% ve Petromyzon marinus 59% ’un insana benzediğini ve orta derecede korunduğunu gösterdi. ZnF_C4 nükleer hormon reseptöründe C4 çinko ucu ve HOLI hormonların ligand bağlama alanı alanlarına göre bir kaç benzer motif belirlendi. Ayrıca insanın normal ve kanserli dokuları arasında gen ekspresyonu bakımından anlamlı fark olduğu gösterildi. Yorum: Bu çalışma, farklı canlı türlerinde VDR gen promotoru üzerinde herhangi bir genel transkripsiyon bağlama yerinin olmadığını kanıtladı. Yakınlık metodu NJ ’na dayanarak oluşturulan filogenetik ağaçlar, ZnF_C4 ve HOLI dizilerinin yakın evrimsel ilişkisini gösterdi
Keywords : VDR, Biyoinformatik, Karşılaştırmalı genomik, in silico Biyoloji