Fiziksel ve Kimyasal Koşulların Çeşitli Yöntemlerle Elde Edilmiş Viral DNA’ya Etkileri

Authors : Zeynep AKKUTAY YOLDAR

Pages : 149-153

Doi:10.31196/huvfd.508964

View : 16 | Download : 14

Publication Date : 2018-12-27

Article Type : Research Paper

Abstract :DNA virusları tamir mekanizmaları ve RNA viruslarına göre daha stabil olmaları sayesinde çevre şartlarına dirençli bir yapı gösterirler. Sahip oldukları bu direnç mutasyonel değişiklikleri elimine ederek, virusun korunmuş bölgelerinin kolaylıkla amplifikasyonu sağlamasına rağmen, uygun olmayan laboratuvar koşulları ve inhibe edici ajanlar, viral DNA tespitine engel olabilmektedir. Viral DNA eldesinde çeşitli yöntemlerin karşılaştırılmasının yapıldığı bu çalışmada aynı zamanda farklı fiziksel ve kimyasal koşulların viral nükleik asite olan etkileri de sorgulandı. Bu amaçla biri konvansiyonel metot olmak üzere toplam dört farklı ekstraksiyon yöntemi bir parapoxvirus olan ecythma contagiosumun DNA’sını tespit amacıyla kullanıldı. Elde edilen DNA’lar verimlilikleri yönünden kıyaslandıktan sonra çeşitli fiziksel (basınç, UV) ve kimyasal (deterjan) koşullara maruz bırakıldı. Basınçlı buhar otoklavına maruziyetten sonra viral DNA amplifikasyonu gerçekleşirken; tween 20 ve uv radyasyon viral DNA amplifikasyonu inhibe ettiler. Ticari kitlerin çoğu DNA ekstraksiyonunun süresini kısaltmaya yardımcı olurken konvansiyonel yöntem viral DNA tespiti açısından en yüksek verimliliği sağladı.
Keywords : Ekstraksiyon, PCR, Viral DNA