Optimization of High Concentration Plasmid DNA for Use in COVID-19 mRNA Vaccine Development: Comparison of Between Alkaline Lysis Method and Commercial Kit Results

Authors : Tuğçe DURAN, Naci ÇİNE, Nadir KOÇAK, Saliha KURT

Pages : 154-161

Doi:10.31196/huvfd.1151456

View : 13 | Download : 12

Publication Date : 2022-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Kararlı IVT mRNA molekülü oluşturulurken başlangıçta plazmid DNA’sından kopyalanan ORF antijen sekansının UTR bölgeleri ile ligaze edilebilmesi için yüksek konsantrasyon ve saflıkta plazmid DNA\`nın elde edilmesi gerekmektedir. Bu çalışmada, COVID-19 mRNA aşısının ilk basamağı olan mRNA molekülünün oluşturulması adımında, ORF hedef antijen sekansını içeren pDNA’nın alkalen lizis method ve ticari kit ile izolasyonu sonucundaki kıyaslama ve optimizasyonu yapılmıştır. Hedef antijen ORF sekansını içeren plazmid DNA bakterisi uygun üreme koşullarında çoğaltılmıştır. Farklı OD600 nm değerlerinde insert ignore into journalissuearticles values(0.02-0.05, 0.05-0.1, 0.1-0.2, 0.2-0.3, 0.3-0.4, 0.4-0.5); durdurulan bakteri kültürlerinden ticari kit ve alkalen lizis yöntemi ile plazmid DNA izolasyonu yapılmıştır. Elde edilen pDNA’lar bir agaroz jelde görüntülendikten sonra, spektroskopik ölçüme tabi tutularak saflığı ve konsantrasyonu ölçülmüştür. Stab kültür SOC medium içerisinde canlandırıldıktan sonra, kit ile izolasyon sonrasında tek formda, alkalen lizis metodu ile pDNA izolasyonu sonrasında birden çok formda insert ignore into journalissuearticles values(lineer, süper kıvrımlı, sirküler); bant oluşur. Her iki yöntem için de ideal OD600 nm 0.3-0.4 olarak bulunmuştur. Kit ile izolasyon sonucunda daha yüksek saflıkta ancak düşük konsantrasyonda pDNA elde edilmiştir. İdeal OD600 nm değeri, pDNA\`nın konsantrasyonunu ve saflığını etkileyen önemli bir parametredir. Alkalen lizis yöntemi, kit izolasyonuna kıyasla mRNA aşı geliştirmeye alternatif olarak kullanılabilecek ucuz ve güçlü bir tekniktir.
Keywords : Plazmid DNA, izolasyon, alkalen lizis, kit, mRNA aşısı