Eber Gölü Prokaryotik Çeşitliliğinin Metagenomik Çalışmasıyla Karakterizasyonu

Authors : Fahri Pat, Sultan Fidan Pedük, Neşe Akçay, Hatice Kübra Kızıl Pat, Ercan Arıcan

Pages : 437-446

Doi:10.21597/jist.1265800

View : 140 | Download : 103

Publication Date : 2024-03-01

Article Type : Research Paper

Abstract :Eber Gölü, Türkiye\'de göçmen kuşların geçiş rotası üzerinde yer almakta ve sazlık alanları sayesinde birçok kuş türüne doğal üreme ve yaşam alanı sağlamaktadır. Ülkemizde bu kadar önemli bir göl olmasına rağmen prokaryotik çeşitlilik konusunda yeterli çalışma olmadığı görülmüştür. Metagenomik analiz DNA izolasyonu ile elde edilen mikroorganizmaların türlerini, genetik yapılarını, fonksiyonel rollerini ve insan ile ekolojik sağlık üzerindeki etkilerini belirlemeyi mümkün kılmaktadır. Yeni nesil dizileme (YND), birçok DNA veya RNA örneğinin eşzamanlı olarak yüksek hızda ve yüksek hassasiyetle dizilenmesini mümkün kılan, modern bir DNA/RNA dizileme teknolojisidir. Bu çalışmamızda Eber Gölü\'ne ait 16S ribozomal DNA (rDNA) (V3-V4 bölgeleri) dizilerinin metagenomik analizi için yüksek verimli YND yöntemleri kullanılmıştır. Prokaryotik çeşitliliği incelemek amacıyla MOTHUR yazılımı kullanılarak Illumina NovaSeq teknolojisi ile elde edilen dizi verileri analiz edilmiştir. Analizler sonucu Proteobacteria, Verrucomicrobia, Bacteroidetes ve Actinobacteria Şubelerinin baskın olduğu ortaya çıkarılarak Eber Gölü\'ndeki prokaryotik çeşitlilik detaylı bir şekilde karakterize edilmiştir.
Keywords : Prokaryotik çeşitlilik, metagenomik, ekoloji, 16s rRNA, İllumina dizileme

ORIGINAL ARTICLE URL