Biyokimyasal Reaksiyonlar için Stokastik Simülasyon Algoritmalarına Genel Bir Bakış

Authors : Vilda PURUTÇUOĞLU

Pages : 70-82

View : 14 | Download : 10

Publication Date : 2010-07-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Biyolojik bir sistemi anlayabilmek için hangi genlerin/proteinlerin organizmanın neresinde, ne zaman ve nasıl reaksiyonda olduğunu bilmemiz gerekmektedir. Bu kadar detaylı, karmaşık ve metabolik seviyede rassal olan reaksiyonları içeren biyokimyasal bir mekanizmada, hücresel aktivitelerin deneysel olarak ispatlanması, teknolojik imkanların sınırlı olması sebebiyle çoğu kez mümkün olmamakta veya yüksek deney maliyetine sebep olmaktadır. Biyokimyasal modelleme; bir sistemin elemanlarının farklı zaman ve şartlar altındaki durumunu, sistemi oluşturan proteinler ve moleküller arasındaki etkileşimi sistemin bilinen özellikleri yardımıyla ifade etmenin matematiksel yoludur. Bu çalışmada; reaksiyonların nasıl formülize edildiği ve bu reaksiyonlardan oluşan sistemin stokastik modellemelerinin biyoinformatik ve matematiksel biyoloji alanlarında hangi simülasyon algoritmalarıyla yapıldığı tanıtılmaktadır.
Keywords : Matematiksel modelleme, Simülasyon, Stokastik algoritmalar