Genome-Wide Determination, Characterization and Bioinformatic Analysis of Cold Shock Protein (CSP) Genes In Atlantic Salmon (Salmo salar), Carp (Cyprinus carpio) and Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss)

Authors : Büşra ÖZKAN, Buket USTAOĞLU, Tevfik Hasan CAN, Mehmet Cengiz BALOGLU, Yasemin CELİK ALTUNOGLU

Pages : 16-35

View : 13 | Download : 11

Publication Date : 2019-06-27

Article Type : Research Paper

Abstract :Atlantik somonu (Salmo salar ) sualtı dünyasının simgesidir; sazan balığı ( Cyprinus carpio ), sazangiller ( Cyprinidae ) familyasına adını veren tatlı su balığıdır ve gökkuşağı alabalığı ( Oncorhynchus mykiss ) somon gibi Salmonidae ailesine ait bir balık türüdür. Bu üç balık türü dünyada en çok çiftçiliği yapılan balık türlerinden olduğu için önemlidir. Soğuk şoku proteinleri (CSP) ise ilk kez Escherichia coli 'de tanımlanmış olup organizmayı soğuğa karşı koruma aktivitesine sahip olan korunmuş proteinlerdir. Bunlar, balıklardaki genel stres tepkisi ile karakterize edilebilir. Balık genomlarında CSP proteinlerinin tanımlanması ile ilgili kapsamlı bir çalışma yoktur. Bu çalışmada, Atlantik somonu, sazan balığı ve gökkuşağı alabalığı genomlarında CSP proteinlerinin belirlenmesi karakterizasyonu ve biyoinformatik analizleri gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonuçları, ekonomik öneme sahip balık türlerinde bu proteinlerin soğuk toleransındaki etkilerinin anlaşılması için ön bilgi sunmaktadır.
Keywords : Somon Balığı, Sazan Balığı, Gökkuşağı Alabalığı, Biyoinformatik, Soğuk Şoku Proteini