Identification and Characterization of LEA Genes in Ash Tree (Fraxinus excelsior) Genome

Authors : Aslı UĞURLU BAYARSLAN

Pages : 299-309

Doi:10.17475/kastorman.662581

View : 25 | Download : 14

Publication Date : 2019-12-23

Article Type : Research Paper

Abstract :Çalışmanın amacı: LEA proteinleri, bitkilerin abiyotik stres koşullarına tepki vermesinde önemli rol oynamaktadır. Dişbudak zeytingiller ailesinden genom dizisi tamamlanmış bir ağaç türüdür. Dişbudak genomunda LEA genlerine dair açıklamalar bulunsa da kapsamlı bir analiz yoktur. Bu sebeple, bu çalışmada biyoinformatik araçlar kullanılarak LEA genlerinin dişbudak genomunda detaylı analizinin yapılması amaçlanmıştır. Materyal ve yöntem: Ash ve LEA protein dizileri sırasıyla Ash Tree Genome ve LEAP veri tabanından elde edilmiştir. Homolog dişbudak LEA peptitleri, CLC Genomic Workbench 11 kullanılarak bulunmuştur. Dişbudak LEA proteinlerinin özellikleri, Expasy PROTPARAM ile belirlenmiştir. MEGA7 filogenetik ağaç oluşturmak için kullanılmıştır. Dişbudak LEA proteinlerinin fonksiyonel analizi, Blast2GO ile gerçekleştirilmiştir. Dişbudak LEA proteinlerinin transkriptlerini hedef alan miRNA'lar psRNATarget ile tespit edilmiştir. Dişbudak LEA proteinlerinin üç boyutlu yapıları, PHYRE2 kullanılarak tahmin edilmiştir. Sonuçlar: Dişbudak genomunda 118 tane LEA geni (FexLEA) tanımlanmıştır. FexLEA’lar filogenetik analize göre 5 dala ayrılmıştır. Fex-LEA üyelerinin başlıca moleküler fonksiyonu bağlanma aktivitesidir. miR838'in FexLEA transkriptlerini hedef alan en yaygın miRNA olduğu görülmüştür. Önemli vurgular: Bu çalışma, dişbudak LEA proteinlerinin fonksiyonel analizleri için temel sağlayacaktır.
Keywords : Dişbudak, LEA, Genom Analizi