Ordu ilinde bulunan Rubus (Rosaceae) türlerinin trnL-F gen bölgeleri ile filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi

Authors : Seçil EKER, Onur KOLÖREN

Pages : 223-228

Doi:10.29278/azd.633776

View : 24 | Download : 10

Publication Date : 2020-12-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada; Karadeniz Bölgesi Ordu ilinde yaygın olan Rubus yabancı ot türlerinin filogenetik farklılıkları trn L-F gen bölgeleri kullanılarak belirlenmeye çalışılmıştır. Ordu’nun farklı noktalarından 24 adet Rubus spp. örneği survey yapılmıştır. Örneklerden DNA izole etme aşamasında protokol Haymes (1996) uyarlanarak kullanılmıştır. Örneklerimizin trn L-F gen bölgesini belirlemek için, GenBank’tan alınan referans diziler ile çalışmamızda elde ettiğimiz sekans dizileri karşılaştırılmıştr. MEGA6 paket programı yardımıyla genetik uzaklıklar hesaplanmış ve filogeni ağaçlarının çizimi yapılmıştır. Örneklerden 6 Haplotip sonucu çıkmıştır. Bunlar; Haplotip 1 (F3, P1, P3, P4, U1, U2, O2, O3, O4, CM1), Haplotip 2 (F5), Haplotip 3 (P2), Haplotip 4 (P5), Haplotip 5 (S1, CM2, CM3), Haplotip 6 (O1, CT1, CT2, CT3) örnekleri sırasıyla R. sanctus (EF055343), R. silvaticus (KM036881), R. divaricatus (KM036924), R. conothyrsoides (KM036856), R. capricollensis (KM036923) ve Rubus sp. (KT581217)  ile %100 nükleotid dizisi benzerliğiyle akraba olarak görülmüştür. 
Keywords : DNA, gen bölgesi, haplotip, Karadeniz Bölgesi, Rubus spp