DNA Tamir Mekanizması İlişkili Genlerin Biyoinformatik Yöntemlerle Glioblastomda Tanımlanması

Authors : Hasan Onur ÇAĞLAR

Pages : 117-124

Doi:10.30934/kusbed.1003777

View : 21 | Download : 9

Publication Date : 2022-05-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: DNA tamir mekanizmalarında (DTM) görev alan genlerin ifade değişimleri glioblastomda (GBM) radyoterapi direnci ile ilişkilendirilmiştir. DTM’de rol oynayan genlerin biyoinformatik yöntemlerle tanımlanması GBM tedavisinde kullanılabilecek potansiyel yeni hedeflerin belirlenmesine yardımcı olabilir. Bu çalışmanın amacı, DNA tamir mekanizmalarında rol oynayan genlerin biyoinformatik yöntemler kullanılarak GBM tümörlerinde tanımlanmasıdır. Yöntem: DNA tamiri mekanizmaları ile ilişkili genler “Reactome” ve “KEGG” veri tabanları üzerinde tanımlandı. GBM tümörlerinde genlere ait mRNA ifade profilleri GEO GDS1813 ve GDS2853 veri setlerinde “Orange Canvas” yazılımı kullanılarak incelendi. Genlerdeki genetik değişimler cBioPortal veri tabanı kullanılarak GBM TCGA olgularında tanımlandı. GEPIA2, değişen gen ifadelerinin TCGA GBM hasta sağ kalım süreleri üzerindeki etkisini göstermek için kullanıldı. Bulgular: ERCC6, FAN1, MBD4, PARP1 ve UNG genlerinin mRNA ifade profillerinin GBM tümörlerinde değişime uğradığı bulundu. Tanımlanan genler için farklı tipte mutasyonlar ve kopya sayı değişimleri TCGA GBM olgularında gözlendi. Yüksek ve düşük gen ifade profillerinin GBM hastalarının genel ve hastalıksız sağ kalım süreleri üzerinde etkisi olmadığı saptandı. Sonuç: Bu çalışmada tanımlanan ERCC6, PARP1 ve UNG genleri baskılanması durumunda GBM’de radyoterapi etkinliğini arttırabilecek potansiyel birer terapötik hedef olabilir.
Keywords : Glioblastom, DNA onarımı, Biyoinformatik