An In-Silico Study: Interaction of BOR1-type Boron (B) Transporters with A Small Group of Functionally Unidentified Proteins Under Various Stresses in Potato (Solanum tuberosum)

Authors : Firat KURT, Adnan AYDIN

Pages : 134-139

Doi:10.31594/commagene.798805

View : 19 | Download : 15

Publication Date : 2020-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Bor (B) bitki metabolizması için önemli bir mikroelementtir. Bitkilerde B taşınımında rol oynayan farklı taşıyıcılar bulunmaktadır. Bu çalışmada patates ( Solanum tuberosum ) bitkisindeki BOR1 tipi B taşıyıcıları biyoinformatiksel yaklaşımlarla belirlenmiş ve karakterize edilmiştirler. On BOR1 taşıyıcısından beş tanesi (StBOR1-2,4,5, ve 10) transkriptomik veri seti içerisinde bulunmuştur. Ekspresyon ısı haritası ve ko-ekspresyon veri ağları belirlenen beş proteine göre yapılmıştır. Sonuç olarak, BOR1 transporter olarak belirlenen beş transporterın en fazla Benzothiadiazole (BTH) uygulamasında eksprese edildiği bulunmuştur. 24950 genin 0.99 korelasyon katsayısı ve bir kat ve üzeri eşik değeri dikkate alınarak oluşturulan beş BOR1 geninin, patojenlere karşı bir savunma proteini olan Heparanase 1 ve fonksiyonel olarak tanımı yapılmamış üç farklı genle ko-eksprese edildiği saptanmıştır. Aynı zamanda StBOR1-4 ve StBOR1-8’nin Heparanase 1, PGSC0003DMT400010798, ve PGSC0003DMT400030256 proteinleri ile çapraz iletişimi bulunmuştur. Genel olarak, StBOR1-8 B alımın, bitki sinyal ve savunma mekanizmasının düzenlenmesinde anahtar bir rol oynadığı görülmektedir. StBOR1 genlerinin moleküler fonksiyonlarına ışık tutmak için yapılan Gen Ontolojisi (GO) analizine göre üç farklı demet meydana gelmiştir. Benzerlik ağı analizine göre StBOR1-10’un, bu çalışmada incelenen diğer StBOR1 genelerine göre çok daha farklı biyolojik proseslerde yer alabileceği görülmüştür. Bu çalışmada StBOR1 taşıyıcıları ile etkileşen ve fonksiyonu bilinmeyen üç proteinin biyotik stres altında incelenmesi ileriki çalışmalarda yapılabilir. Özellikle, PGSC0003DMT400025924 geni bitki bağışıklık sisteminin bir parçası olabilir. Ayrıca, bu proteinlerinin B alınımı ve depolanma mekanizmasındaki rolleri gelecek araştırmalarda ele alınabilir.
Keywords : BOR1 tipi taşıyıcılar, Bor, P infestans, β Amino n Butirik Asit BABA, Benzotiyadiazol BTH