Comparative Bioinformatics Analyses of SARS-CoV-2 Spike Glycoproteins in Different Countries

Authors : Barış KURT

Pages : 68-74

Doi:10.31594/commagene.1079045

View : 10 | Download : 8

Publication Date : 2022-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak 23 farklı ülkeden SARS-CoV-2 spike (S) glikoproteininin 27 protein dizisi analiz edildi. Bu kapsamda saçak glikoproteinlerinin post-translasyonel modifikasyonları, sekans ve domain analizleri, filogenetik analizleri ve 3 boyutlu yapı analizleri gerçekleştirilmiştir. Ayrıca, insan ACE2 proteini ile SARS-CoV-2 saçak proteini S1 reseptör bağlama alanının (SS1) moleküler yerleştirme analizi yapıldı. Tüm SARS-CoV-2'lerin Spike_rec_bind (PF09408) ve Corona_S2 (PF01601) alan yapılarını içermesine rağmen, C-terminal S2 bölgesinin S1 bölgesinden daha çeşitli olduğu bulundu. Öngörülen N-glikosilasyon ve fosforilasyon bölgelerinin sırasıyla 17 ve 19, 136 ve 168 arasında olduğu belirlendi. Filogenetik analizde, SARS-CoV-2'lerin yarasa RaTG13 ve pangolin CoV-2 ile MERS CoV ve yarasa SARS CoV'den daha fazla benzerliğe sahip olduğu bulundu. İnsan SARS-CoV-2 ve yarasa RaTG13'ün tahmin edilen 3D protein yapıları, 0.76 ile 0.78 arasında değişen yüksek benzerlik gösterdi. Yerleştirme analizleri, Asp30, Lys31, His34, Glu35, Glu37, Asp38, Asn330 ve Gln325 rezidülerinin, SARS-CoV-2'nin N-terminal S1 alt birimi için ACE2 proteininde bağlayıcı kalıntılar olduğunu ortaya çıkardı. Bulgular özellikle ilaç geliştirme ve ilaç tasarımı çalışmaları için önemlidir.
Keywords : Kovid 19, koronavirus, saçak proteini, moleküler kenetleme, in siliko analizler