Genome-Wide Characterization and In-silico Transcriptional Expression Analysis of PEBP Family in Solanum lycopersicum L.

Authors : Ali KIYAK

Pages : 300-310

Doi:10.29048/makufebed.1110458

View : 14 | Download : 15

Publication Date : 2022-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Fosfatidiletanolamin bağlayıcı proteinler insert ignore into journalissuearticles values(PEBP\`ler);, üç taksonomik bölümde temsil edilen yüksek oranda korunmuş protein dizilerine sahip önemli bir gen ailesidir. Bitkilerde PEBP genleri, çiçeklenme zamanı, bitki mimarisi ve tohum dormansisinin düzenlenmesinin önemli bir aktörüdür. Buna rağmen, PEBP genleri bugüne kadar domateste genom çapında tanımlanmamış ve sistematik olarak analiz edilmemiştir. Bu çalışmada, ekonomik açıdan önemli Solanum türlerinden domatesteki PEBP gen ailesi, genom çapında kapsamlı bir şekilde tanımlanmış ve biyoinformatik yöntemler ile karakterize edilmiştir. Bu çalışmada, filogenetik ilişkilerine ve yapısal olarak korunan domain/motif varlığına göre dört klad halinde sınıflandırılan 12 PEBP geni tanımlanmıştır. Ayrıca bu PEBP genlerinin gen yapısı, korunmuş protein yapısı, promotör bölgeleri ve dijital ekspresyon seviyeleri belirlenmiştir. SlPEBP transkriptlerinin dijital ekspresyon profili, çoğu gelişim aşamasında ve anatomik dokularda ekspresyonlarını ortaya çıkarmıştır. Bu sonuçlar, domateste PEBP genlerinin daha ileri fonksiyonel ve evrimsel karakterizasyonunun anlaşılmasını sağlayacaktır.
Keywords : Ekspresyon profili, genom çapında tanımlama, PEBP, filogenetik analiz, domates