Bioinformatics of Nile tilapia (Oreochromis niloticus) lymphocyte cytosolic protein 1 (lcp1) gene

Authors : Mehtap BAYIR, Gökhan ARSLAN

Pages : 63-68

Doi:10.12714/egejfas.38.1.07

View : 38 | Download : 6

Publication Date : 2021-03-15

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışmada, deneysel çalışmalarda model organizma olarak kullanılan tilapia insert ignore into journalissuearticles values( Oreochromis niloticus ); `da lenfosit sitozolik protein 1 insert ignore into journalissuearticles values(lcp1); geninin biyoinformatik çalışmaları yapılmıştır. Bu amaçla, lcp1`in karakterizasyonu ve tanımlaması yapılmış ve lcp1 geninin yapısını tasarlamak için ensembl veri tabanı kullanılmıştır. Ayrıca tilapia lcpl geninin üzerinde yer aldığı kromozom bölgesi ve lcpl geni ile aynı bölgedeki diğer genler ile bu genlerin de yerleri belirlenmiştir. Ayrıca belirlenen bu genlerin kromozom bölgeleri, tilapianın ortologları olan zebra balığı ve insanda da tespit edilmiştir. Bu kromozomal bölgelere göre manuel olarak korunmuş gen yapısı dizayn edilmiştir. Bunlara ilaveten, tilapia ile diğer omurgalılar arasındaki filogenetik ilişkinin belirlenmesi amacıyla UNIPROT, ENSEMBL ve NCBI gibi bazı biyoinformatik veritabanları kullanılarak lcp1 geni tarafından sentezlenen amino asit sekanslarına ulaşılmış ve bu seklanslar kullanılark filogenetik ağaç, Mega programı yardımıyla, Maksimum Olasılık Metodu’na göre oluşturulmuştur. Zebra balığı, gökkuşağı alabalığı, insan, fare ve plati balığı lcp1/Lcp1 ile tilapia lcp1 geninin sekans benzerlik-özdeşlik oranı BLOSUM62 matris algoritması kullanılarak hesaplanmıştır. Bu çalışma, tilapiada lcp1 geninin in-siliko analizinin tamamlanması için büyük önem taşımaktadır. Çünkü tilapia, sucul bir model organizmadır ve ekonomik su ürünleri türleri arasında önemli bir yere sahiptir. Bu nedenlerle, yapılan bu çalışma, balıklarda moleküler stres yanıtı üzerine yapılacak çalışmalar için temel oluşturacak ve her zaman başvurulacak bilgiler sağlamaktadır.
Keywords : Tilapia, genomik organizasyon, lcp1, filogenetik

ORIGINAL ARTICLE URL