Investigation of Androgen Responsive Elements in Some Autophagy Related Genes via in silico Analysis

Authors : Yalçin ERZURUMLU

Pages : 71-77

Doi:10.22312/sdusbed.644853

View : 31 | Download : 14

Publication Date : 2020-03-03

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç:  Otofaji, hasarlı organellerin, hatalı katlanmış veya uzun ömürlü proteinlerin, ökaryotik hücrelerde lizozom aracılı uzaklaştırılmasından sorumlu olan majör bir hücresel yoldur ve mayadan memelilere kadar iyi düzeyde korunmuş fizyolojik mekanizmadır. Otofaji, nörodejeneratif hastalıklar, bulaşıcı hastalıklar, metabolik hastalıklar ve kanserinde dahil olduğu çok çeşitli patolojilerle ilişkilendirilmiştir. Son çalışmalar otofajinin prostat kanserindeki rolünü vurgulamaktadır. Bu nedenle, otofajinin bilinmeyen mekanizmalar ile gerçekleşen regülasyonu ve özellikle androjen aracılı gerçekleşen regülasyonu hakkındaki bilinmeyen süreçlerin anlaşılması önem taşımaktadır.   Bu çalışmada otofaji ile ilişkili genlerin promotor bölgesinde  in silico  analizler ile varsayılan ARE’leri araştırmayı amaçladık.  Materyal-Metod:  Otofaji ile ilişkili hedef genlerin promotör dizileri UCSC ve EPD veri tabanından ekstrakte edilerek, androjen resepötörü bağlanma motifi için varsayılan bağlanma bölgeleri matinspector biyoinformatik aracı ile analiz edildi. Bulgular:  İn silico  analiz sonuçlara göre otofaji ile ilişkili 33 farklı genin promotor bölgesinde varsayılan ARE’ler tanımlandı. Sonuç:  Sonuçlarımız otofaji ile ilişkili komponentlerin androjen sinyalizasyonu ile sıkı şekilde düzenlenebileceğini önermektedir.
Keywords : Otofaji, Androjen cevap elementleri, Prostat kanseri, in silico analiz

ORIGINAL ARTICLE URL