Klinik Stafilokokal Suşların Tiplendirilmesinde İki Farklı PCR Temelli Yöntemin Karşılaştırılması

Authors : Neslihan IDİL, Nilüfer AKSÖZ

Pages : 43-50

View : 40 | Download : 11

Publication Date : 2013-03-01

Article Type : Research Paper

Abstract :B u çalışmada stafilokokal suşların ayrımında RAPD-PCR Rastgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA-Polimeraz Zincir Reaksiyonu ve REP-PCR Tekrarlayan Ekstragenik Elementlerin Polimeraz Zincir Reaksiyonu ile Amplifikasyonu yöntemlerinin etkinliğinin ve kullanılabilirliğinin araştırılmasını ve elde edilen sonuçların antibiyotipleme ile karşılaştırılması amaçlanmaktadır. Çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve farklı servislerden toplanan stafilokokal suşlar fenotipik olarak antibiyotik duyarlılık testi, genotipik olarak RAPDPCR ve REP-PCR yöntemleri ile karakterize edilmiştir. RAPD ve REP-PCR ile elde edilen genotipler arasında önemli ölçüde benzerlik bulunamamıştır. RAPD-PCR ve REP-PCR için sırasıyla %80 ve %70 olarak belirlenen benzerlik katsayısı ile suşlar gruplandırılmıştır. RAPD-PCR’ın 0.91 oranında ayrım gücü ile oldukça etkin olduğu tespit edilirken, RW3A primeri, REP1R-I ve REP2-I primerlerinin kombinasyonu ile elde edilen REP analizinin ayrım gücü 0.88 olarak bulunmuştur. Çalışmanın bulguları RAPD-PCR yönteminin klinik örnek ve servisler ile ilişkili kümelemede güvenilir olduğunu göstermektedir. RAPD primerlerinin MRSA, MSSA ve CNS suşların ayrımını sağlayabildiği, REP analizinin RAPD kadar ayırt edici olmadığı bulunmuştur. Böylece RAPD-PCR’ın REP-PCR’dan daha ayırt edici olduğu ve suşların tanımlanmasında hızlı ve doğru bir yöntem olarak uygunluğu kanıtlanmıştır
Keywords : Stafilokokal suşlar, antibiyotip, RAPD PCR, REP PCR

ORIGINAL ARTICLE URL