Molecular Structure And Docking Analysis Of The Integrin Inhibitor Cyclo (Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val) Peptide

Authors : Sefa ÇELİK, A Demet DEMİRAG, Hira CİVELEK, Ayşen ÖZEL, Sevim AKYÜZ

Pages : 1-6

View : 62 | Download : 9

Publication Date : 2021-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Antitümör aktiviteye sahip Cyclo insert ignore into journalissuearticles values(Arg-Gly-Asp-D-Phe-Val); insert ignore into journalissuearticles values(C26H38N8O7); peptidinin tüm olası konformasyonları Spartan06 programı ve MMFF yöntemi ile hesaplanmış ve en kararlı konformer belirlenmiştir. Konformerler arasındaki enerji farklılıkları belirlenmiş, biyolojik aktivitenin belirlenmesi için gerekli olan düşük enerjili konformerler karakterize edilmiştir. Bir antikanser adayı olarak incelenen molekülün integrin inhibitörü olması beklendiğinden, etkileşim mekanizmasını belirlemek için αvβ3 integrini ile moleküler kenetlenme çalışması yapılmıştır. Kenetlenme simülasyonları sonucunda bağlanma afinitesi insert ignore into journalissuearticles values( ΔG = -10.5 kcal/mol); ve incelenen peptit ile hedef integrin arasındaki etkileşimler belirlenmiştir.
Keywords : Antitümör aktivitesi, Spartan06 programı, integrin inhibitörü, Docking simülasyonu

ORIGINAL ARTICLE URL