Identification and characterization of Turnip mosaic virus (TuMV) infection on canola plants ( Brassica napus L.) in Çanakkale province

Authors : Ali KARANFİL, Savaş KORKMAZ

Pages : 0-0

View : 46 | Download : 9

Publication Date : 2016-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Bu çalışma 2014 üretim yılı içinde Çanakkale ili kanola üretim alanlarında yürütülmüştür. Bu amaçla kanola tarlalarına arazi çıkışları yapılarak bu bitkiler Şalgam mozaik virüsü insert ignore into journalissuearticles values( Turnip mosaic virus ; TuMV); açısından görsel olarak incelenmiş ve tipik olarak mozaik ve kloroz simptomları gösteren 21 bitkiden örnekler alınmıştır. Toplanan örnekler TuMV’nin varlığını belirlemek amacıyla DAS-ELISA ve RT-PCR yöntemleriyle test edilmiş ve testlemeler sonucunda 21 örnekten 15’i enfekteli bulunmuştur. Hastalıklı olduğu belirlenen izolatlar içerisinden tek bir örnek insert ignore into journalissuearticles values(CK01); seçilerek bu örneğe ait moleküler karakterizasyon çalışması yapılmıştır. Bu amaçla seçilen örneğe ait NIb+CP geninin bir kısmını içeren 1178 bç’lik RT-PCR ürünleri saflaştırılarak direkt olarak çift yönlü nükleik asit dizilimleri belirlenmiştir.  Sekans analizi yapılan TuMV izolatına özgü NIb+CP genlerinin nükleotid dizilimleri gen bankasında bulunan ve dünyanın farklı üretim bölgelerinden TuMV izolatları ile karşılaştırılmıştır. Bu karşılaştırmalar sonucunda ülkemiz kanola TuMV izolatının nükleotid düzeyinde %88-93 oranında bir benzerliğe sahip olduğu bulunmuştur. Yapılan filogenetik analiz sonucunda ise bu izolatın dünyanın farklı bölgelerindeki izolatlarla farklı düzeylerde genetik ilişki gösterdiği saptanmıştır. Bu çalışma ile ilk defa ülkemizde kanola bitkisinde TuMV’nin varlığı belirlenmiştir.
Keywords : Şalgam mozaik virüsü, kanola, DAS ELISA, RT PCR, filogenetik analiz

ORIGINAL ARTICLE URL