A Bioinformatics-Based Approach for Designing Primer Sets in Determination of Meat Specificity

Authors : Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ, İsmail Hakkı PARLAK, Ercan Selçuk ÜNLÜ, Mehmet MİLLİ, Omer EREN

Pages : 1669-1675

Doi:10.29130/dubited.898519

View : 41 | Download : 8

Publication Date : 2021-10-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve türevleri, et ve et ürünlerinde tür belirleme çalışmalarında en yaygın kullanılan DNA bazlı yöntemlerden biridir. Tür tespit çalışmalarında kullanılan PCR tabanlı analizlerde türlerin kromozomal veya mitokondriyal genleri hedeflenebilir. Birçok araştırmacı, mitokondriyal DNA üzerindeki çevrimiçi hizalama programları aracılığıyla türler arasındaki oligonükleotid farklılıklarını gerçekleştirebilmektedir. Kromozomal DNA kullanmak, kantifikasyon çalışmalarında daha kısa sonuçlar sağlayacaktır. Bununla birlikte, genomik DNA için işaretleyici bölgelerin belirlenmesi, kromozomların büyüklüğünden dolayı zordur. Biyoinformatik yaklaşımlar, seçilmiş uygulamalar için mevcuttur. Ancak, bu yaklaşımları kullanmak, yüksek hesaplama gücüne ek olarak yoğun bilgisayar bilimi, moleküler biyoloji ve biyoinformatik bilgisi gerektirir. Bu çalışmada, kontaminasyon analizlerinin rutin olarak yapıldığı tesisler tarafından benimsenmesi için kullanıcı dostu bir yaklaşım sağlayacak bir kod akışı sunulmuştur.
Keywords : Sekans hizalama, Biyoinformatik, Biyo hesaplama, Gıda kalitesi

ORIGINAL ARTICLE URL