Kantitatif RT-PCR (RT-qPCR) Çalışmalarında Uygun Housekeeping Genlerin (HKGs) Seçimi ve Validasyonu

Authors : Özgecan KORKMAZ AĞAOĞLU, Özge SİDEKLİ

Pages : 76-83

Doi:10.32707/ercivet.655015

View : 70 | Download : 8

Publication Date : 2020-03-23

Article Type : Review Paper

Abstract :Gen ekspresyon çalışmalarında farklı deneysel veya klinik koşullar altında genlerin ekspresyon seviyelerinin karşılaştırılması için kullanılan en yaygın teknik Kantitatif Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-qPCR)’dur. RT-qPCR’da güvenilir sonuçlar elde etmek için verilerin housekeeping genler (HKG) ile normalizasyonunun yapılması gerekmektedir. Bununla birlikte; çalışma tasarımına uygun en stabil HKG’nin kullanılması, çalışma sonuçlarının güvenilirliğini artırmaktadır. Güvenilir veri elde etmek için çalışma tasarımına uygun stabil HKG’nin seçimi ve validasyonu önemli bir adımdır ki bu ekspresyon bazlı çalışmalarda bütünleyici bir adım olmuştur. HKG seçimi için farklı yazılım programları geliştirilmiştir. Normalizasyon için seçilecek en stabil HKG’nin seçilmeden önce deneysel çalışmalar ile dikkatli bir şekilde değerlendirmesinin yapılması gerekmektedir. Bu derlemede; Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Deneylerinin Yayınlanması için Asgari Bilgi (MIQE), HKG’lerin genel özellikleri, RT-qPCR çalışmalarında kullanımları ile çalışma dizaynına göre en uygun ve stabil olan HKG’lerin seçimi ve validasyonu hakkında bilgiler özetlenmiştir.
Keywords : Gen ekspresyonu, housekeeping gen, kantitatif RT PCR, referans gen

ORIGINAL ARTICLE URL