The Detection of SSRs From The Terrier Dog Normal and Tumoral Mammary Gland Tissue EST Libraries

Authors : Zehra OMEROGLU ULU, Merve CELIK, Salih ULU, Nehir OZDEMIR OZGENTURK

Pages : 103-109

Doi:10.30607/kvj.482551

View : 50 | Download : 10

Publication Date : 2019-03-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Köpekler, insanlarla ortak bir çevreyi paylaşır ve belirli köpek ırklarının hastalıkları hakkında bilgi, insan kanser çalışmaları için bir model geliştirmede çok yararlıdır. EST'ler, bir organizmanın transkribe edilen genomunun bir parçasını temsil eder ve mikrosatellitleri tanımlamak için önemli bir kaynaktır. Tekrarlayan DNA dizilerini içeren Basit Dizi Tekrarları (SSR'ler) veya mikrosatellitler, bilinen en güçlü genetik belirteçler arasındadır. EST-SSR'lerin gelişimi, genomik çalışmalar için hızlı, verimli ve düşük maliyetli bir seçenek haline gelmiştir. Bu çalışmada, 2304 EST içeren Terrier köpeğin meme bezi dokusunun EST koleksiyonundan SSR'lerin belirlenmesi için; Web tabanlı sürümleri olan ve kolayca erişilebilen SSRIT ve IMEx yazılımları kullanılmıştır. SSRIT, 2 ila 10 baz uzunluğundaki motifleri bulur ve tekli nükleotid motiflerini ortadan kaldırarak minimum tekrar sayısını ayarlar. IMEx mükemmel ve kusurlu mikrosatellitleri ayrı ayrı bulur. Farklı uzunluklarda 1 ile 6 arasındaki motifleri bulabilir ve minimum tekrar sayısı ayarlanabilir. Ek olarak, istenen SSR bölgesi için uygun primer tasarlanabilir. Normal doku EST'leri için 2, 3, 4, 5 ve 6 nükleotidli motifler bulunurken, tümörlü doku EST'leri için 5 nükleotidli motif bulunamamıştır. 
Keywords : SSR, EST SSR, Terrier, Kanser, Köpek

ORIGINAL ARTICLE URL