KÜMELEME YÖNTEMLERİ İLE KODON FREKANSLARI TEMELLİ DNA-TÜR VE ALEM TAHMİNİ

Home Page
About
Submit A Journal
Submit A Conference
Submit Paper/Book
- Submit a Preprint
- Submit a Book
Contact

Uluslararası Bilişim Kongresi
IIC 2022 FULL PAPERS
KÜMELEME YÖNTEMLERİ İLE KODON FREKANSLARI TEMELLİ DNA-TÜR VE ALEM TAHMİNİ

KÜMELEME YÖNTEMLERİ İLE KODON FREKANSLARI TEMELLİ DNA-TÜR VE ALEM TAHMİNİ

Authors : Berivan Özaydın, Ramazan Tekin

Pages : 339-347

View : 60 | Download : 23

Publication Date : 2022-04-22

Abstract :Organizmalar birbirinden genetik yapılarını oluşturan protein yapılarındaki amino asit dizilişleri ve bu amino asitlerin eşamlamlı kodonların frekans bilgileri ile ayrıştırmak mümkündür. Dolaysıyla organizmaların DNA dizilerini kodlarken amino asit dizileri yerine farklı kodon kullanım sıklıklarını tür tespitinde kullanmak mümkün olabilir. Kodon frekans bilgileri ile organizmaları DNA üzerinden ayrıştırmak uygun ve hızlı bir yaklaşımdır. Organizmaların taksonomik kimliğini belirlemede sıkça kullanılan araçlardır. Bu çalışmada kümeleme yöntemlerini (DBSCAN, OPTICS, MEAN-SHIFT, BIRCH, AGLOMERATIF ve K-MEANS) kullanarak kodon frekanslarına dayalı olarak hem alemleri (viral, fajal, bakteriyel, arkeal ve ökaryotik) hem de DNA-tür (nükleer, mitokondriyal ve kloroplast) için kümeleme işlemi gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla CUTG (Codon Usage Tabulated from Genbank) veri seti kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlara göre öğreticisiz öğrenme yöntemlerinden olan kümeleme yöntemlerinin sınıf/küme bilgisi olmadan kodon frekanslarına dayalı organizmaları ayırmada başarılı sonuçlar verdiği görülmüştür.
Keywords : Genetik, Kodon, Makine Öğrenmesi, Kümeleme

ORIGINAL PAPER URL

VIEW PAPER (PDF)

* There may have been changes in the journal, article,conference, book, preprint etc. informations. Therefore, it would be appropriate to follow the information on the official page of the source. The information here is shared for informational purposes. IAD is not responsible for incorrect or missing information.