RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE (RDRP) INHIBITOR DRUGS AGAINST SARS-COV-2: A MOLECULAR DOCKING STUDY

Authors : Sarah GADO, Zeynep ALAGÖZ

Pages : 62-77

Doi:10.33483/jfpau.963384

View : 24 | Download : 16

Publication Date : 2022-01-29

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: SARS-CoV-2 ile ilişkili viral pandemisi ilk olarak Aralık 2019'da Çin'in Wuhan kentinde bildirilmiştir. enfeksiyon gücünün yüksek olması nedeniyle, Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) 11 Mart 2020 tarihinde SARS-CoV-2’yi küresel pandemi olarak ilan etmiştir. Bu nedenle en önemli viral protein hedeflerinin belirlenmesi bir zorunluluk haline geldi. En önemli hedef proteinlerden biri ise, SARS-COV-2’nin replikasyon sürecinin bağlı olduğu RNA'ya bağımlı RNA polimerazdır (RdRp). Bu çalışmada RdRp ile RdRp nükleozit inhibitörleri, özellikle de Purin nükleozid analogları arasındaki olası etkileşimlerin incelenmesi, RdRp inhibitörleri ile yaygın olarak etkileşime giren en önemli kalıntıların saptanması ve bu kalıntılarda şimdiye kadar herhangi bir mutasyon gözlemlenip gözlemlenmediği araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: SARS-CoV-2 RdRp’ye karşı fizyolojik nükleotidler (ATP ve GTP) ve farklı viral RdRpler’e karşı onaylanmış ilaçlar (Galidesivir, Remdesivir, Ribavirin, Sofosbuvir ve Favipiravir) olmak üzere toplam 7 bileşik test edilmiştir. RdRp ile bu 7 bileşik arasında AutoDock Vina yardımıyla moleküler docking çalışmaları gerçekleştirilmiş olup moleküler docking çalışmalarından elde edilen sonuçlara ve uzaydaki konfigürasyonlarına göre en uygun olan modelleri için de detaylı yüzey etkileşim analizi Pymol ve Discovery Studio Visualizer software yardımıyla yapılmıştır. Sonuç ve Tartışma: Test edilen tüm moleküller, SARS-CoV-2 RdRp'ye başarıyla bağlanabilmiştir. Ayrıca hepsi 9 farklı amino asit ile (Arg553, Arg555, Asp618, Asp623, Ser682, Asn691, Ser759, Asp760 ve Asp761) aynı zamanda 3 farklı Template-primer RNA nükleotidi (U10, A11 ve U20) ile etkileşime girmiş ve zorunlu olmayan RNA zinciri sonlandırması yoluyla viral RdRp'nin inhibisyonuna neden olmuşlardır.
Keywords : COVID 19, moleküler docking, RdRp, nükleotid analogları