Performance Analysis of Machine Learning and Bioinformatics Applications on High Performance Computing Systems

Authors : Zafer AYDIN

Pages : 1-14

Doi:10.21541/apjes.547016

View : 18 | Download : 14

Publication Date : 2020-01-28

Article Type : Research Paper

Abstract :Günümüzde büyük verilerden anlamlı bilgiler çıkartan ve akıllı kararlar alabilen algoritmaların en verimli şekilde ve en uygun hesaplama ortamında çalıştırılması gittikçe artan bir önem arz etmektedir. Bu makalede scikit-learn, Tensorflow, WEKA, libSVM, ThunderSVM, GMTK, PSI-BLAST, and HHblits gibi büyük veri analizi uygulamaları bulunan çeşitli makine öğrenmesi ve biyoenformatik programlarının yüksek başarımlı hesaplama sistemleri ve iş istasyonlarındaki performansları incelenmiştir. Programlar tek merkezi işlemci çekirdeğine ek olarak paralel işleme ve grafik işlemci versiyonlarının mevcut olma durumuna göre, çoklu merkezi işlemci çekirdeği ve grafik işlemci çekirdeklerinde çalıştırılmıştır. Seçilen programlar için optimum CPU çekirdek sayısı tespit edilmiştir. Yapılan analizler sonucunda hız performansının birçok faktöre bağlı olduğu sonucuna varılmıştır. Bunlar arasında merkezi/grafik işlemci versiyonları, hafıza miktarı, seçilen çekirdek sayısı ve kullanılan algoritma sayılabilir. Bir programın paralel işlemeye imkan tanıyan versiyonu mevcutsa en hızlı hesaplama grafik işlemci birimleri ile, daha sonra paralel merkezi işlemci ve tek merkezi işlemci ile elde edilmiştir. İncelenen uygulamalar açısından en başarılı sistem farklılık gösterse de mevcut çalışma makine öğrenmesi ve biyoenformatik alanındaki araştırma ve geliştirme yapanların projelerinde en uygun kaynakları seçmesine olanak sağlayacaktır.
Keywords : Makine öğrenmesi, biyoenformatik, yüksek başarımlı hesaplama, hız performans analizi