THE GTP HYDROLYSIS MECHANISM IN ELONGATION FACTOR –TU (EFTU)

Authors : Ayla BAŞARAN KINALI, Bülent BALTA, Neş`e BİLGİN, Viktorya AVİYENTE

Pages : 102-104

Doi:10.18596/jotcsa.34499

View : 14 | Download : 21

Publication Date : 2015-01-30

Article Type : Other Papers

Abstract :Uzama Faktörü Tu insert ignore into journalissuearticles values(EF-Tu); bir G proteindir ve GTP ile üçlü kompleksi halinde doğru amino asidin ribozoma tasınmasında görev alır. Diğer G proteinlerinde olduğu gibi EF-Tu proteinin fonksiyonu GTP veya GDP bağlı olup olmamasına göre değisir. EF-Tu sadece GTP ile kompleks olusturduğunda aminoasil-tRNA’ya bağlanabilir. Doğru kodon ve antikodon eslesmesi sağlandığında GTP hidrolizi gerçeklesir ve EF-Tu ribozomdan ayrılarak aminoasil-tRNA’yı ribozomun A bölgesinde bırakır. GTP hidrolizi proteinin aktivitesi için en kritik adımdır [1, 2]. Bu çalısmada GTP hidrolizinde görev alan kalıntıları teaspit etmek için, QM/MM metotları kullanıldı. Genel olarak Histidin 85 insert ignore into journalissuearticles values(His85); ve Arjinin 57 insert ignore into journalissuearticles values(Arg57); insert ignore into journalissuearticles values(T. aquaticus numaralandırması); kalıntılarının rolleri üzerine odaklanıldı. Bu kalıntılar kosullara bağlı olarak aktif bölgenin dısında veya içinde konumlanabilir. His85’in aktif bölgede konumlandırıldığı, Arg57’nin aktif bölgede olduğu ve her iki kalıntının da aktif bölgenin dısında olduğu farklı modeller incelendi. Sonuçlarımız Arg57 ve His85’in aktif bölgede yer alması durumunda aktivasyon enerjisinin azaldığını ve bu kalıntıların katalitik rol üstlendiğini gösterdi. Diğer önemli bir konuda da hidroliz reaksiyonunun asosyatif veya disosyatif yoldan gerçeklesip gerçeklesmediğidir [3]. GTP hidrolizini temsil eden farklı asosyatif ve disosyatif model yapılar optimize edildi ve enerji değerleri karsılastırıldı. Tüm optimize edilen geçis yapıları asosyatif karakter gösterdi. Çalısılan modellerde disosyatif mekanizmaya ait durağan noktalar elde edilemedi. Disosyatif mekanizmanın gerçeklesmesinin olası olduğu noktalarda enerjinin arttığını gözlemlendi.  
Keywords :