ATP HYDROLYSIS MECHANISM OF THE HSP70 CHAPERONE PROTEIN

Authors : Oğuzhan MARABA, Gizem DİNLER DOĞANAY, Bülent BALTA

Pages : 113-115

Doi:10.18596/jotcsa.98447

View : 8 | Download : 6

Publication Date : 2015-01-30

Article Type : Other Papers

Abstract :Hsp70, 45 kDa N-terminal ATPaz domain ve 25 kDa C-terminal substrat bağlama domain içeren 70 kDalık bir saperon proteinidir [1]. Bu domainlerin arasında bunları birbirine bağlayan, korunmus VLLL sekansı içeren bir bağlayıcı bölge bulunur ve iki domain arasında allosterik iletisimi sağlar [2]. ATP bağlı durumda Hsp70’in substratlarına, yani yanlıs katlanmıs proteinlere olan afinitesi düsüktür. Substrat bağlandıktan sonra ATP hidrolizlenerek ADP’ye dönüsür ve substrata olan afinite yükselir. ADP’nin ATP ile değisimi substratın salınmasını sağlar ve yeni bir döngü baslar [1]. Bu çalısmada, ATP hidroliz mekanizmasını belirlemek için N-terminal ATPaz domaini ile çalısılmıstır. Metod olarak QM/MM ONIOM metodu ve QM seviye için M062X ve MM seviye için ise AMBER kuvvet alanı kullanılmıstır. Fosfat hidroliz reaksiyonları ortam kosullarına bağlı olarak assosiyatif veya dissosiyatif yolları izleyebilirler. O nedenle, en düsük enerjili yolu belirlemek için iki mekanizma da denenmistir [3]. Aktif merkezdeki bazı amino asitlerin asit/baz katalizi yapabilme ihtimali göz önünde bulundurularak, K70, D194 ve D201’den ATP’ye proton transferi birbirlerinden ayrı olarak incelenmistir.
Keywords :