Sorghum bicolor L. CAMTA Transkripsiyon Faktörlerinin Genom Çaplı Analizi

Authors : Damla KIZILKAYA, Ayşe Gül KASAPOĞLU, Arash HOSSEİNPOUR, Kamil HALİLOĞLU, Selman MUSLU, Emre İLHAN

Pages : 267-278

Doi:10.17097/ataunizfd.690138

View : 30 | Download : 13

Publication Date : 2020-09-25

Article Type : Research Paper

Abstract :Kalmodulin bağlayıcı transkripsiyon aktivatörü olan CAMTA gen ailesi, bitki familyasında karakterize edilmiş kalmodulin bağlayıcı transkripsiyon faktörleridir. CAMTA gen ailesi hastalıklara karşı direnç, biyotik ve abiyotik stres etmenlerine karşı yanıt gibi çeşitli biyolojik süreçlerde önemli roller üstlenmektedir. Bu çalışmada, sorgum (Sorghum bicolor L.) genomunda 7 CAMTA geni belirlendi ve kök ve sürgün dokularında Sobic-CAMTA genlerinin ifade profilleri analiz edildi. Sobic-CAMTA proteinlerinin moleküler ağılıkları ve uzunlukları sırasıyla 95,22 kDa (Sobic-CAMTA-6) ile 114,86 kDa (Sobic-CAMTA-5) ve 845 (Sobic-CAMTA-6) ila 1030 (Sobic-CAMTA-5) amino asit arasındadır. Sobic-CAMTA genleri arasında tahmini olarak belirlenen ekzonların sayısı en düşük 10 en yüksek 13’tür. İzoelektrik noktaları ise 5,55 (Sobic-CAMTA-5.) ila 8,36 (Sobic-CAMTA-4) arasında değişmektedir. Sobic-CAMTA-2/Sobic-CAMTA-3 tandem duplike genler iken, Sobic-CAMTA-3/Sobic-CAMTA-5 ve Sobic-CAMTA-6/Sobic-CAMTA-7 ise segmental duplike genler olarak tespit edilmiştir. S. bicolor L., Arabidopsis thaliana (L.) Heynh ve Zea mays L. CAMTA proteinleri kullanılarak çizilen filogenetik ağaca göre 3 ana grup (A, B ve C) elde edilmiştir. Sobic-CAMTA genlerinin ifade profilleri, S. bicolor L. bitkisinin farklı dokularına farklı azot kaynağı uygulaması ile belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonuçları, sorgum bitkisinde CAMTA transkripsiyon faktörü gen ailesinin moleküler yapısının anlaşılması için önemli bilgiler sağlayacaktır.
Keywords : Ankrin, Kalmodulin, CG 1 DNA bağlanma domaini, IQ motifi, Sorghum bicolor L

ORIGINAL ARTICLE URL