Güney Marmara Bölgesi kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus enfeksiyonunun tespiti ve kılıf protein gen diziliminin filogenetik analizi

Authors : Ali KARANFİL, Savaş KORKMAZ

Pages : 239-246

Doi:10.20289/zfdergi.682293

View : 21 | Download : 10

Publication Date : 2021-06-30

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Güney Marmara Bölgesi (GMB) kabakgil üretim alanlarında cucumber mosaic virus (CMV) enfeksiyonunun tespiti ve elde edilen CMV izolatlarının moleküler karakterizasyonu amacı ile bu çalışma yürütülmüştür. Materyal ve Yöntem: GMB’yi oluşturan Çanakkale, Balıkesir ve Bursa illerinde arazi çalışmaları gerçekleştirilerek virüs ve virüs-benzeri simptom gösteren bitkilerden örnekler alınmış ve DAS-ELISA yöntemi ile CMV enfeksiyonu açısından testlenmiştir. İleri analizler için toplanan örnekler içerisinden 3 tanesi elde edildikleri coğrafik orijine göre seçilerek, RT-PCR ile kılıf protein genlerinin tamamı çoğaltılarak klonlanmış ve sekanslanmıştır. Araştırma Bulguları: Arazi çalışmaları sonucunda 72 bitkiden örnek alınmıştır. Virüs tanılama çalışmaları sonucunda ise 10 bitkide CMV enfeksiyonu tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen sekans analizleri sonucunda GMB CMV izolatları birbirleri ile nükleotit düzeyinde %93.15-99.70 oranında, amino asit düzeyinde ise bu izolatların %97.71-100 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Dünya izolatları ile gerçekleştirilen karşılaştırmalar sonucunda ise GMB izolatlarının nükleotit ve aminoasit düzeyinde %76-100 benzerlikler gösterdiği tespit edilmiştir. Gerçekleştirilen filogenetik analizler sonucunda ise GMB CMV izolatlarının ikisinin altgrup IA, birinin ise altgrup IB’de olduğu belirlenmiştir. Sonuç: Gerçekleştirilen bu çalışma ile GMB kabakgil üretim alanlarında CMV enfeksiyonu tespit edilerek ülkemizden ilk kabakgil CMV izolatlarının kılıf protein gen dizilimlerinin genbankasında yer alması sağlanmıştır.
Keywords : CMV, DAS ELISA, RT PCR, sekanslama

ORIGINAL ARTICLE URL