BRCA1 ve BRCA2 Mutasyonlarının Tespitine Yönelik Yeni Nesil Dizileme Temelli Kit Geliştirilmesi ve Rutinde Kullanılan Yöntemler ile Valide Edilmesi

Authors : Gözde GİRGİN ÖZGÜMÜŞ, İlter GÜNEY

Pages : 1-15

Doi:10.38079/igusabder.843199

View : 29 | Download : 11

Publication Date : 2021-04-29

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Meme kanseri, kadınlarda en yaygın görülen kanser türü olup, Göğüs Kanseri Duyarlılık gen (BRCA1 ve BRCA2) mutasyonlarının meme ve yumurtalık kanserlerinin önemli bir kısmından sorumlu olduğu bilinmektedir. Bu genlerden birinde mutasyon taşıyan bireylerde yaşam boyu meme, yumurtalık, pankreas ve diğer kanserlere yakalanma riski oldukça yükselmektedir. BRCA1/2 gen mutasyonlarına sahip olan kişilerin belirlenmesi, genetik danışma ile tarama sıklığının artırılması ve potansiyel olarak hayat kurtaran önleyici tedavi stratejilerinin uygulanabilmesi için büyük önem taşımaktadır. Bu çalışmada gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PZR) yöntemi kullanılarak BRCA1/2 genlerinin yeni nesil dizi (NGS) analizi kütüphanelerinin hazırlanması ve NGS analizlerine uygun biyoinformatik iş akışının belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Rutin analizlerde yaygın olarak kullanılan Multiplicom BRCA MASTR™ Dx Kiti ile çalışılmış hastalardan alınan kan örneklerinden, DNA izolasyonu sonrası RT-PZR ile NGS kütüphanelerinin hazırlanması ve her bir örneğin 2 farklı etiket dizi ile işaretlenmesinin ardından NGS analizlerinin biyoinformatik iş akışlarının belirlenmesi gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Referans metoda göre test limitleri; %100 duyarlılık, %100 özgüllük ve %100 doğruluk olarak belirlenmiştir. Wilson yöntemi kullanılarak testin güven aralığı CI: %86-%100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: BRCA1 ve BRCA2 genlerinin klinik laboratuvarlar değerlendirmesine uygun verilerin elde edildiği, patojenik mutasyon tespitini yüksek verimlilik ve doğrulukla yapabilen uygun maliyetli bir NGS testinin geliştirilmesi ve analitik doğrulaması bu çalışma ile tamamlanmıştır.
Keywords : Meme Kanseri, BRCA1, BRCA2, Yeni Nesil Dizileme, NGS Kütüphane Oluşturması

ORIGINAL ARTICLE URL