Diagnostic Outcomes for Genetic Testing of 54 Genes in Pregnancy Loss Using Array CGH Method: A Two-Year Retrospective Study

Authors : Barış PAKSOY, Ozturk OZDEMIR, Fatma SILAN

Pages : 599-609

Doi:10.38136/jgon.771393

View : 15 | Download : 13

Publication Date : 2020-12-31

Article Type : Research Paper

Abstract :Amaç: Bu çalışma, 2016 ve 2017 yılları arasında tıbbi genetik kliniğine gelen tüm gebelik trimesterlerinde, fetal kayıp olgularına farklı bir tanısal yaklaşım olarak uygulanmış olan array-CGH genetik analizinin retrospektif olarak değerlendirmesini incelemeyi amaçlamıştır. 50 örnek üzerinde Kantitatif Floresan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (QF-PCR) testi yapıldı ve test sonucunda 11 örnekte anöploidi saptandı ve QF-PCR normal olan 39 örneğe array-CGH analizi gerçekleştirildi. Bu amaçla, embriyonik dönemde hücre bölünmesi, doku farklılaşması aşamalarında etkili delesyon ve duplikasyonları, olası kopya sayısı varyasyonlarını (CNV) analiz etmeyi ve belirlemeyi amaçladık. Gereç ve Yöntemler: Bu retrospektif çalışmada vakaların abortus ve fetal biopsi örneklerinden yapılan DNA izolasyonunda PureLink Genomik DNA izolasyon kiti kullanıldı. DNA numuneleri daha sonra oligonükleotid array-CGH yöntemi (aCGH, 60 K ISCA tasarımı, Agilent, Almanya) ile moleküler etiyolojik nedenler açısından incelendi. Olgu ve referans DNA'ların hibridize prob korelasyonları, intrauterin kayıplarla ilişkili 54 fonksiyonel gen CNV açısından genomik varyasyon analizinde kullanılan veri tabanları (Genomik Varyantlar Analizi Veritabanı) ile değerlendirildi. Bulgular: Araştırma kapsamında analiz edilen 39 fetal örneğin 30'unda (% 77) CNV saptandı. CNV'lerin yüzde elli beşi duplikasyon (% 55) ve yüzde kırk beşi delesyon (% 45) şeklinde bulundu. Değerlendirme sonucunda 54 genin 19'unda (% 35) delesyon, 26'sında (% 48) duplikasyon, 3'ünde (% 6) hem delesyon hem de duplikasyon saptandı. Otozomal kromozomlarda CNV tespit edilmesine rağmen (kromozom 1, 2, 3, 4, 5, 7, 8, 10, 12, 13, 14, 15 ve 20), en sık CNV X kromozomunda saptandı. Çalışmamızda COX7B, ZIC1, MECP2, FMR1, HOXD13, JAG1, MSX2, NEXN ve SIX3 genleri ile ilişkili CNV'lerin fetal kayıp etiyolojisi açısından daha sık olduğu bulunmuştur. Sonuç: Deneyimlerimize dayanarak, array-CGH yöntemi, fetal kayıp vakalarında QF-PCR ile normal sonuçlanmış vakaların etiyolojisini araştırmak için kullanılabilir. Array-CGH yöntemi uygulama kolaylığı ve elde edilen veriler nedeniyle giderek daha fazla tercih edilecektir. Literatüre baktığımızda, array-CGH yöntemi üzerinde fetal kayıplar hakkında yeterli araştırma olmadığı ve bu alandaki deneyimi arttırmak için daha fazla çalışmaya ihtiyaç olduğu görülmektedir.
Keywords : fetal loss, array CGH, DNA, QF PCR, CNV